Thách thức lớn nhất trong tái chế giấy là loại bỏ mực và lớp phủ màng polime; loại giấy khó xử lý nhất là giấy thải hỗn hợp từ các văn phòng. Quy trình truyền thống khử mực sử dụng lượng lớn hóa chất chi phí cao và không thân thiện với môi trường. Giải pháp thay thế tốt hơn là công nghệ nhờ sự hỗ trợ về mặt sinh học.
Người ta cho rằng nguyên liệu thô khó xử lý nhất là giấy thải từ văn phòng, nhất là giấy đã qua phôtôcopy và máy in. Quy trình truyền thống sử dụng nhiều hóa chất không chỉ tốn kém mà còn gây ô nhiễm môi trường do sử dụng quá nhiều hóa chất. Công nghệ thân thiện môi trường tận dụng khả năng của các enzyme (các phân tử sinh học) được nhiều nhà nghiên cứu quan tâm nhằm giảm chi phí vận hành và giảm tối thiểu tác động môi trường của quy trình khử mực in trên giấy.

Xử lý bằng enzyme có thể đạt được hiệu quả tương tự như xử lý hóa học. Thậm chí, quy trình này còn có thể mang lại kết quả tốt hơn do không làm ảnh hưởng đến các đặc điểm tự nhiên của sản phẩm giấy cuối cùng. Sử dụng enzyme ổn định trong môi trường kiềm trong một nghiên cứu khác cho thấy rất có hiệu quả trong việc làm tăng độ sáng và giảm lượng mực ở giấy tái chế.

Dự án nghiên cứu của trường Đại học Malaysia Sarawak và Tập đoàn Lâm nghiệp Sarawak, sử dụng các enzyme thô để khử mực giấy in văn phòng. Enzyme này được tạo ra bằng cách nuôi cấy endoglucanase để tạo ra khuẩn Bacillus licheniformis BL-P7 trong môi trường nuôi cấy lỏng cùng một chút thức ăn bột và vỏ trấu.

Tác dụng của quy trình xử lý nhờ enzyme được so sánh với quy trình xử lý hóa học truyền thống. So với các phương pháp hóa học truyền thống, quy trình khử mực bằng enzyme tạo ra hiệu ứng khử mực hiệu quả hơn đối với giấy hỗn hợp từ văn phòng. Mực được tách rời khỏi các sợi giấy dễ dàng nhờ khả năng biến đổi của enzyme trên bề mặt sợi. Hơn nữa, quy trình đã chứng minh được tính hiệu quả hơn trong loại bỏ các hạt mực có kích thước lớn, đồng thời các đặc điểm như độ sáng, tính thấm, độ căng và dai được tăng cường.